以下のコマンドを使用すればよい。yesコマンドの引数に空文字を指定しているので、cpanで選択肢が出てきた際にenterキーを押すことと同じ作業をすることになる。
# yes '' | perl -MCPAN -e 'upgrade'
正攻法はもちろんprerequisites_policyをfollowにすることなのだけど、一部の選択肢はこのオプションで自動的に選択されないので、yesコマンドを使った。prerequisites_policyをfollowにした上で、yesコマンドを使うほうが安全だと思う。